Pri izvajanju Schengenskega vira je NS odgovoren za:
1.
finančno upravljanje s sredstvi Schengenskega vira, pri čemer je NAO oseba, ki v imenu Republike Slovenije certificira izjave o upravičenih izdatkih v skladu s pravili Skupnosti na področju Schengenskega vira;
2.
prejemanje plačil iz naslova sredstev Schengenskega vira in vodenje obrestnega računa za Schengenskega vira ter evidence o vseh transakcijah;
3.
izvajanje nalog v zvezi s povračili in plačili iz Schengenskega vira.