Sekretariat SIST je strokovno-administrativna služba, ki opravlja naloge, določene z zakonom o standardizaciji, sklepom o ustanovitvi in statutom in druge naloge, če cilj opravljanja teh dejavnosti ni pridobivanje dobička.
Sekretariat SIST seznanja člane skupščine o delu SIST s posredovanjem letnega poročila o delu, drugih informacij in obvestil ter posreduje gradiva za zasedanja skupščine, seje upravnega odbora, strokovnih svetov, tehničnih delovnih teles ter izvršilnih odborov.
Organizacijske enote sekretariata se določijo s pravilnikom o notranji organizaciji in sistemizaciji delovnih mest SIST. V sekretariatu so zaposleni vsi delavci SIST.