Osnovo za pripravo predloga izbora projektov predstavljajo naslednja osnovna merila za njihovo vrednotenje:
(interdisciplinarnost vsebin raziskovalnega načrta, medinstitucionalno sestavljena projektna skupina, utemeljenost predloga projekta, raziskovalne reference projektne skupine, ter reference skupine glede na njeno učinkovitost pri prenosu in uveljavljanju znanja za gospodarski in družbeni razvoj države).
(skladnost prijave s cilji programa ob upoštevanju dispozicije za posamezno težišče CRP in upoštevanju spremenjenega pomena razvojnih dejavnikov v domačem in mednarodnem okolju).
Za pridobitev ocene, ki vključuje elemente iz prejšnjega odstavka tega člena, Strokovni sveti angažirajo naročnike, lahko pa tudi zunanje recenzente.