Količine blaga v okviru posamezne carinske kvote razdeli agencija na predlog komisije, ki jo sestavljajo po dva predstavnika ministrstva, pristojnega za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano in ministrstva, pristojnega za gospodarstvo, in po en predstavnik ministrstva, pristojnega za finance, Kmetijsko gozdarske zbornice Slovenije ter Združenja za trgovino in Združenja za agroživilstvo v okviru Gospodarske zbornice Slovenije.
Komisijo iz prejšnjega odstavka vodi in sklicuje predsednik komisije, ki ga izmed predstavnikov ministrstva, pristojnega za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano, imenuje minister, pristojen za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano. Komisija sprejme kriterije za oblikovanje predlogov o razdelitvi količin blaga v okviru carinskih kvot ter poslovnik o svojem delovanju.
Agencija lahko razdeli količine blaga v okviru posamezne carinske kvote naenkrat ali postopoma, upoštevaje razmere na trgu zadevnega blaga, pri čemer mora biti razdelitev končana najmanj dva meseca pred iztekom leta.