Državni svet tajne podatke hrani, dokler jih potrebuje za opravljanje delovnih nalog. Po uporabi se tajni podatki uničijo ali vrnejo organu, ki jim je določil stopnjo tajnosti.
Dokumenti s tajnimi podatki, ki so del vsebinske zadeve, se hranijo v skladu z roki, ki veljajo za to zadevo.
Kopije gradiv, ki so bile po uporabi vrnjene, je treba sproti uničiti.
Pooblaščena oseba enkrat letno preveri, ali je treba na podlagi odredb na gradivih s tajnimi podatki oziroma ocene o možnih škodljivih posledicah posameznega gradiva s tajnimi podatki uničiti ali spremeniti oziroma odpraviti stopnjo tajnosti.
Za uničenje tajnih podatkov sekretar Državnega sveta izda sklep o imenovanju komisije za uničenje gradiv s tajnimi podatki, s katerim določi najmanj tričlansko komisijo, v katero mora biti vključena tudi najmanj ena pooblaščena oseba. Komisija ob uničenju gradiv naredi zapisnik o uničenju gradiv s tajnimi podatki.
Tajni podatki se morajo uničiti na način, s katerim se zagotovi, da postane tajni podatek nerazpoznaven in neobnovljiv, pri čemer se uporabijo naprave in metode skladne z veljavno Uredbo o varovanju tajnih podatkov.