Prostor za izdelavo magistralnih zdravil mora biti primerno velik.
Glede na velikost lekarne in obseg dela se magistralna zdravila lahko izdelujejo tudi na recepturni mizi v oficini. V tem primeru mora biti del recepturne mize opremljen za izdelavo magistralnih zdravil in oddeljen od strank.
Prostor za izdelavo magistralnih zdravil mora imeti delovno mizo s ploščo, ki je obstojna proti kemikalijam, grelno ploščo, pomivalno korito z odcejalnikom ter hladno in toplo tekočo vodo. Oprema prostora mora omogočati shranjevanje pribora in aparatur. Pribor in aparature morajo biti iz materiala, ki ne vpliva negativno na kakovost izdelka.
V prostoru mora biti digestorij ali napa.