Plačilna agencija mora v zvezi z izplačevanjem sredstev Jamstvenega oddelka EKUJS izvajati naslednje glavne naloge:
-
odobritev izplačil: ugotavljanje izpolnjevanja pogojev vlagateljev in določanje zneskov, ki se jim izplačujejo;
-
izvrševanje izplačil: izdajanje nalogov za izplačilo svojemu organu ali drugemu organu, pristojnemu za izplačevanje;
-
računovodstvo izplačil: evidentiranje izplačil iz EKUJS v računovodskih evidencah plačilne agencije in pripravljanje periodičnih poročil o izdatkih, vključno z mesečnimi in letnimi poročili za Komisijo Evropskih skupnosti. Računovodske evidence zajemajo tudi sredstva, ki jih financira EKUJS v zvezi z intervencijskimi zalogami, še ne obračunanimi predplačili in dolžniki.