Odločitev o tem, katere preiskave sumov kaznivih dejanj bo prevzel NPU, je v pristojnosti direktorja NPU. Pri svoji odločitvi mora direktor NPU upoštevati zlasti:
NPU začne ali prevzame preiskavo suma določenega kaznivega dejanja na lastno pobudo ali na pisno pobudo direktorja Uprave kriminalistične policije, vodje sektorja kriminalistične policije policijske uprave, vodje Skupine državnih tožilcev za pregon organiziranega kriminala, vodje posameznega okrožnega državnega tožilstva, ali predstojnika enega od državnih organov oziroma institucij s področij davkov, carin, finančnega poslovanja, vrednostnih papirjev, varstva konkurence, preprečevanja pranja denarja in preprečevanja korupcije, prepovedanih drog in inšpekcijskega nazora. Zavrnitev pisne pobude mora direktor NPU vlagatelju pobude pisno obrazložiti.
Kadar NPU na lastno pobudo prevzame preiskavo suma kaznivega dejanja, ki ga že preiskuje druga enota kriminalistične policije, o tem pisno obvesti direktorja Uprave kriminalistične policije. Kadar NPU ne prevzame preiskave suma kaznivega dejanja, odstopi preiskavo suma kaznivega dejanja drugi enoti kriminalistične policije in o tem prav tako pisno obvesti direktorja Uprave kriminalistične policije. V primeru spora o prevzemu oziroma odstopu preiskave suma kaznivega dejanja med direktorjem NPU in direktorjem Uprave kriminalistične policije odloči Generalni direktor policije.
Generalni direktor policije podrobneje predpiše način sodelovanja in obveščanja med NPU in drugimi organizacijskimi enotami policije.