Zavod upravlja upravni odbor.
Člani upravnega odbora so vrhunski strokovnjaki iz znanosti, izobraževanja, tehnologije, gospodarstva in družbenih dejavnosti.
Upravni odbor zavoda ima sedem članov, od katerih:
-
tri člane imenuje ustanovitelj, in sicer enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za raziskovalno dejavnost, enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za promet, in enega člana na predlog ministrstva, pristojnega za okolje in prostor;
-
tri člane imenuje znanstveni svet zavoda iz vrst uporabnikov zavoda, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti zavoda, oziroma zainteresirane javnosti. Imenovani člani s strani uporabnikov ne smejo prihajati iz iste institucije;
-
enega člana izvolijo zaposleni delavci na zavodu izmed sebe.
Predsednika upravnega odbora zavoda izvolijo med seboj člani upravnega odbora.
Kadar je izid glasovanja upravnega odbora neodločen, je sprejeta odločitev, za katero je glasoval predsednik.
Način imenovanja članov iz vrst uporabnikov dejavnosti zavoda, ki imajo dolgoročen interes pri povezovanju raziskovalnih dejavnosti zavoda, oziroma zainteresirane javnosti in izmed zaposlenih delavcev na zavodu se podrobneje določi v statutu.