Sekretariat SNAV, ki ga imenuje vlada, operativno usklajuje aktivnosti za delovanje SNAV, skrbi za izvedbo usklajenih stališč SNAV ter opravlja druge naloge za SNAV. Strokovna in administrativno-tehnična dela za sekretariat SNAV opravlja služba, ki jo določi vlada.
Sekretariat SNAV sestavljajo:
– direktor SOVE, ki vodi sekretariat,
– generalni direktor Policije,
– načelnik Generalštaba Slovenske vojske,
– direktor Obveščevalno varnostne službe pri Ministrstvu za obrambo,
– državni sekretar, ki ga določi minister za zunanje zadeve,
– direktor Službe Vlade Republike Slovenije za zakonodajo,
– direktor Urada Republike Slovenije za preprečevanje pranja denarja,
– direktor Urada za varovanje tajnih podatkov,
– svetovalec predsednika vlade za zunanjo politiko,
– poveljnik štaba Republike Slovenije za civilno zaščito,
– svetovalec predsednika vlade za nacionalno varnost oziroma oseba, ki jo določi.".