Zavod upravlja svet zavoda, ki šteje enajst članov. Člane sveta zavoda imenuje Vlada Republike Slovenije na predlog ministra, pristojnega za malo gospodarstvo.
Svet zavoda sestavlja šest članov predstavnikov ustanovitelja, en predstavnik Gospodarske zbornice Slovenije, en predstavnik Obrtne zbornice Slovenije, en predstavnik Republiškega zavoda za zaposlovanje, en prestavnik Sklada Republike Slovenije za razvoj malega gospodarstva in en predstavnik delavcev, ki opravljajo dejavnost v zavodu.
Predsednika sveta zavoda izvoli svet zavoda s soglasjem ministra, pristojnega za malo gospodarstvo.