Organ upravljanja inštituta je svet, ki ga sestavljajo predstavniki ustanovitelja in predstavnik delavcev inštituta.
Svet ima sedem članov, od katerih:
-
šest članov imenuje Vlada Republike Slovenije na predlog ministrstva, pristojnega za prostor, od tega enega predstavnika univerze za področje geodezije,
-
enega člana izvolijo izmed sebe delavci inštituta na način, po postopku in pod pogoji, določenimi z zakonom in statutom inštituta.
Predsednika sveta in njegovega namestnika izvolijo člani sveta izmed predstavnikov ustanovitelja.