Odstopanja od mejnih vrednosti so možna pri parametrih, ki so v prilogi 2 tega pravilnika označeni z "(0)", zaradi izjemnih vremenskih ali geografskih pogojev in kadar se kopalni vodi spremenijo lastnosti kot posledica naravnega bogatenja, brez človeškega poseganja.
Navedena odstopanja ne smejo v nobenem primeru zmanjšati zahtev za varovanje javnega zdravja. Za vsako odstopanje od določb tega pravilnika je potrebno obvestiti Komisijo Evropske unije ter navesti razloge in obdobje, ko se ta odstopanja pričakujejo.