Študij poteka po študijskih programih, ki jih je sprejel Senat FZJ in potrdil NAKVIS.
Študijski programi FZJ morajo biti ovrednoteni v skladu s kreditnim sistemom ECTS (European Credit Transfer Scheme) in usklajeni s področnimi direktivami EU ter Zakonom za visoko šolstvo.
Študijski programi za pridobitev izobrazbe prve in druge stopnje imajo naslednje obvezne sestavine:
Doktorski študijski programi so podlaga za pripravo študijskega in raziskovalnega programa posameznega študenta. V doktorskem študijskem programu se smiselno opredelijo obvezne sestavine iz prejšnjega odstavka, razen sestavin iz osme, enajste, trinajste in štirinajste alinee. Te se v programu opredelijo, če je tako določeno s statutom visokošolskega zavoda. S predmetnikom se določijo vsebinska področja in kreditno ovrednotene obveznosti, ki se lahko razporejajo v študijski in raziskovalni program posameznega študenta (skupinske oblike študijskega dela, skupinsko ali individualno raziskovalno delo). Organizirane oblike študija po doktorskem študijskem programu obsegajo najmanj 60 kreditnih točk. Z doktorskim študijskim programom se določi tudi znanstveni naslov, oblikovan v skladu z zakonom.
Študijski programi za pridobitev izobrazbe imajo lahko tudi druge sestavine, določene s statutom visokošolskega zavoda.
Obvezne sestavine študijskih programov za izpopolnjevanje so:
Študijski programi za izpopolnjevanje imajo lahko tudi druge sestavine, določene s statutom visokošolskega zavoda.
Pri obveznih sestavinah študijskega programa se ob akreditaciji programa opredelijo tudi druge oblike izvajanja študijskega programa in njegovih delov, kot so študij na daljavo, e izobraževanje, e študij.
Pri obveznih sestavinah študijskega programa se ob akreditaciji programa opredeli tudi možnost vpisa po veljavnih Merilih za prehode med študijskimi programi.