V okviru FZJ so organizirane katedre kot oblika strokovnega povezovanja in usklajevanja pedagoškega dela in s pedagoškim delom povezanega znanstveno-raziskovalnega in razvojnega dela visokošolskih učiteljev, visokošolskih sodelavcev in znanstvenih delavcev. Katedra je zadolžena za razvijanje znanstvenih disciplin in strok s področja delovanja.
Znanstveno-raziskovalno in razvojno delo je poleg pedagoškega dela obvezna sestavina dela visokošolskih učiteljev in sodelavcev in je opredeljeno z nacionalnim programom visokega šolstva, z nacionalnim raziskovalnim in razvojnim programom, s študijskimi programi FZJ, z raziskovalnimi programi in projekti ter razvojnimi projekti in je del dela kateder FZJ.
Katedra združuje enega ali več vsebinsko in smiselno združljivih predmetov študijskih programov visokošolskega zavoda. Člani katedre so zaposleni visokošolski učitelji, ki so nosilci posameznega predmeta, zaposleni visokošolski učitelji in strokovni sodelavci – na predmetih katedre, zaposleni znanstveni delavci, vključeni v izvajanje predmetov katedre. Našteti člani katedre so lahko člani več kateder, vendar imajo volilno pravico le v eni katedri, v kateri lahko tudi kandidirajo v primeru volitev za članstvo v Senatu FZJ.
Pogodbeni sodelavci katedre so visokošolski učitelji, znanstveni delavci, visokošolski in raziskovalni sodelavci, ki so vključeni v izvedbo pedagoške in znanstveno raziskovalne dejavnosti posamezne katedre, vendar niso zaposleni na FZJ in jih katedra povabi k sodelovanju. Lahko so pogodbeni sodelavci več kateder.
Vsak študijski predmet sodi le v eno katedro. Dekan na predlog prodekana za izobraževanje s sklepom določi, kateri učni načrti predmetov, ki se izvajajo na FZJ, vsebinsko sodijo v posamezne katedre. O predlogu razpravlja Senat FZJ.