FZJ ima v upravljanju stvarno premoženje (nepremično in premično premoženje), katerega lastnica je Občina Jesenice in je omogočilo zagon dejavnosti prej VŠZNJ, ki se je preoblikovala v FZJ. Med FZJ in Občino Jesenice je sklenjena pogodba o upravljanju VŠZNJ/FZJ s premoženjem Občine Jesenice.
FZJ je tudi lastnica premoženja, pridobljenega na osnovi izvajanja rednih dejavnosti in pridobljenih drugih virov in je odraz razvojnega dela FZJ. Premoženje pridobljeno na osnovi izvajanja rednih dejavnosti in pridobljenih drugih virov se v knjigovodskih in računovodskih evidencah vodi ločeno od premoženja, ki je v lasti Občine Jesenice in ga ima FZJ v upravljanju.