Prodekani pomagajo Dekanu pri opravljanju njegovih nalog s posameznega področja za katerega so imenovani.
FZJ ima prodekane za naslednja področja:
-
prodekan za izobraževanje;
-
prodekan za raziskovanje in razvoj;
-
prodekan za kakovost in evalvacije.
FZJ ima lahko tudi prodekane za druga področja. Posamezen prodekan lahko pokriva tudi več področij. Obseg dela prodekanov je lahko od 0,2 do 1 FTE. Število prodekanov in njihove naloge določi s soglasjem Senata Dekan, s sklepom o imenovanju prodekana.