FZJ je pri izvajanju svoje dejavnosti avtonomna.
Svojo avtonomijo uresničuje s tem, da v izvajanju študijske, znanstveno-raziskovalne, izobraževalne in razvojno-inovacijske dejavnosti samostojno:
-
oblikuje strategijo svojega razvoja,
-
določa pravila svoje notranje organizacije in delovanja,
-
oblikuje in sprejema študijske in znanstveno raziskovalne programe ter določa način njihovega izvajanja,
-
sprejema merila za izvolitev v naziv visokošolskih učiteljev, znanstvenih delavcev in visokošolskih sodelavcev,
-
izvaja izobraževalno, raziskovalno in razvojno delo,
-
odloča o vključevanju visokošolskih učiteljev, znanstvenih delavcev in visokošolskih sodelavcev v delo visokošolskega zavoda,
-
odloča o oblikah študijske, znanstveno-raziskovalnega in pedagoško-izobraževalnega sodelovanja z drugimi organizacijami,
-
odloča o volitvah, imenovanjih in odpoklicu organov v skladu s statutom in pravilniki visokošolskega zavoda,
-
upravlja s premoženjem v skladu z določili področne zakonodaje ter sklenjene pogodbe o upravljanju.