Tajništvo FZJ izvaja upravno-administrativne, finančno-gospodarske in strokovno-tehnične naloge. V okviru tajništva delujejo dekanat, referati in knjižnica, ki izvajajo predvsem naslednje naloge:
FZJ ima strokovno knjižnico, ki opravlja knjižnično dejavnost za potrebe pedagoškega in raziskovalnega dela šole. Knjižnica je namenjena visokošolskim učiteljem, znanstvenim delavcem in sodelavcem, študentom FZJ.
V tem okviru ima sledeče naloge:
Delo knjižnice vodi in koordinira vodja knjižnice.
Podrobna organizacijska struktura tajništva FZJ in število potrebnih delovnih mest za opravljanje nalog tajništva se določi v Aktu o sistemizaciji delovnih mest FZJ za izvajanje nalog nacionalnega programa visokega šolstva in nacionalnega raziskovalnega-razvojnega programa.
Tajništvo FZJ vodi tajnik, ki ga na podlagi javnega razpisa imenuje Dekan. Podrobnejša delitev dela, pristojnost in odgovornost delavcev tajništva je določena v sistemizaciji delovnih mest visokošolskega zavoda.
Za svoje delo je tajnik odgovoren Dekanu FZJ.
Če tajnik ni imenovan, vodi tajništvo dekan, ki ga lahko začasno ali za posamezne naloge nadomešča prodekan, ki ga dekan za to pooblasti.