Sredstva za izvajanje pedagoško-izobraževalne in znanstveno-raziskovalne dejavnosti pridobiva FZJ iz:
-
sredstev državnega proračuna RS,
-
sredstev ustanovitelja,
-
iz šolnin in drugih prispevkov za študij,
-
iz razpisov v RS in EU,
-
s plačili za opravljene storitve,
-
donacij,
-
sredstev evropskih skladov in drugih nepovratnih sredstev,
-
in drugih virov v skladu z zakonom.