Za proučitev vprašanj iz svojega delovnega področja ter za pripravo gradiv za sejo Senata ima lahko Senat naslednja delovna telesa:
-
komisijo za študijske in študentske zadeve (KŠŠZ);
-
komisijo za znanstveno-raziskovalno in razvojno dejavnost (KZRD);
-
komisijo za izvolitve v nazive (KIN);
-
komisijo za kakovost in evalvacije (KKE);
-
komisijo za diplomske zadeve (KDZ);
-
komisija za magistrske zadeve (KMZ);
-
komisija za tutorstvo (KT);
-
komisija za publikacije (KP);
-
komisija za disciplinske zadeve (KD).
Senat FZJ lahko po potrebi ustanovi še druga delovna telesa.