Temeljni in aplikativni znanstveno-raziskovalni in razvojni programi in projekti na FZJ potekajo v okviru registriranih raziskovalnih skupin znotraj inštitutov ali na projektni osnovi.
Senat FZJ sprejme pravila o načrtovanju, organiziranju in financiranju dejavnosti inštitutov in projektov.
Znanstvenoraziskovalno delo poteka v skladu z zakonom, ki ureja raziskovalno dejavnost, ter z izhodišči, ki jih sprejme Senat FZJ.
Raziskovalna in razvojna dejavnost je vodena stroškovno ločeno od ostalih dejavnosti visokošolskega zavoda.
Vključevanje visokošolskih učiteljev, visokošolskih sodelavcev in znanstvenih delavcev v raziskovalne projekte lahko podrobneje urejajo Pravilniki o znanstveno-raziskovalnem, razvojnem in svetovalnem delu, ki jih sprejme Senat FZJ.