Organizacijske enote FZJ so:
-
oddelki,
-
katedre,
-
inštituti/razvojni centri,
-
tajništvo FZJ.
Organizacijske enote se organizirajo tako, da omogočajo učinkovito izvajanje študijskih programov, drugih dejavnosti in projektov FZJ. Organizacijske enote se ustanovijo ali ukinjajo z namenom hitrega prilagajanja razvojnim zahtevam.