Študent ima pravico do ugovora zoper sklepe, ki jih organi FZJ sprejemajo o njegovih pravicah, obveznostih in odgovornostih.
Študent, ki meni, da so bile kršene njegove pravice, ima pravico do ugovora ali pritožbe v roku 15 dni od dneva, ko mu je bil vročen sklep. Kot prvostopenjski organ odloča o vlogah študentov v študijskih zadevah Dekan FZJ, kot drugostopenjski organ pa odloča o pritožbah študentov v študijskih zadevah Senat FZJ. Zoper dokončno odločitev v zadevah v zvezi s študijem lahko študent sproži upravni spor.