Akademski zbor izmed svojih članov izvoli predsednika in namestnika. Predsednik sklicuje in vodi seje, v njegovi odsotnosti pa namestnik. Mandat predsedujočega in namestnika traja dve leti.
Akademski zbor se sestane vsaj enkrat letno. Sklic Akademskega zbora lahko predlaga tudi 1/3 članov Akademskega zbora ali Dekan FZJ.
Na seje Akademskega zbora so vabljeni člani Senata, zaposleni visokošolski učitelji in sodelavci, znanstveni delavci, visokošolski in raziskovalni sodelavci ter pogodbeni sodelavci FZJ, ki v tekočem študijskem letu opravljajo pedagoško ali znanstveno-raziskovalno delo.
Pogodbeni visokošolski sodelavci nimajo pravice glasovanja, lahko pa dajejo pobude in razpravljajo pri vseh točkah dnevnega reda.
Akademski zbor je sklepčen, če je navzoča večina članov s pravico glasovanja.
Akademski zbor sprejema odločitve z večino glasov navzočih članov s pravico glasovanja, ki lahko odločajo o posameznem vprašanju.
Akademski zbor FZJ obravnava in sklepa o vprašanjih iz svoje pristojnosti na javnih sejah. Akademski zbor lahko seje za javnost zapre.