Dekan FZJ imenuje prodekane FZJ iz vrst visokošolskih učiteljev, ki so zaposleni na FZJ, potem ko pridobi o kandidatih za prodekane soglasje Senata FZJ.
Prodekani so imenovani za dobo dveh let in so lahko ponovno imenovani. Senat lahko prodekana razreši s sklepom, ki je bil sprejet z večino vseh članov, pred iztekom njegovega mandata, na temelju obrazloženega predloga Dekana.
Z izvolitvijo novega Dekana FZJ in z imenovanjem novih prodekanov prenehajo funkcije dotedanjih prodekanov.