Rektor javno objavi razpis za pričetek postopka kandidiranja za imenovanje enega ali več prorektorjev, v primeru prorektorja za študentska vprašanja rektor na podlagi poziva Študentskega sveta univerze javno objavi razpis za pričetek postopka kandidiranja prorektorja za študentska vprašanja.
Kandidate za prorektorje lahko predlagajo Senati članic univerze ali rektor univerze, v primeru prorektorja za študentska vprašanja pa Študentski svet univerze.
Kandidate za prorektorje iz vrst visokošolskih učiteljev lahko predlaga tudi najmanj 20 visokošolskih učiteljev, ki so zaposleni na Univerzi. Izmed predlaganih kandidatov izbere rektor univerze kandidate za prorektorje, o katerih Senat univerze poda mnenje.
Na mandat prorektorja univerze ne vpliva dejstvo, da je bil v času njegovega mandata izvoljen novi rektor. Če prorektor predloži novoizvoljenemu rektorju izjavo o odstopu, jo novoizvoljeni rektor lahko sprejme ali pa tudi ne. Če sprejme odstopno izjavo prorektorja, se za imenovanje novega prorektorja smiselno uporabljajo določila statuta o imenovanju prorektorja.