BSE imajo goveda, pri katerih se v možganih s patohistološko preiskavo ugotovijo značilne vakuolarne spremembe ali če se iz svežega tkiva izolirajo specifične, za obolenje značilne fibrile.
Za diagnostično preiskavo se odvzamejo celi možgani skupaj s podaljšano hrbtenjačo, ki se čimprej po smrti odstranijo iz lobanjske votline in položijo v 5 litrov 10% formalina, pripravljenega s fiziološko raztopino, ali v 10% puferirani formalin.
Če ni na razpolago prostorov in opreme, ki bi zagotavljali zaščito pred okužbo, se cela glava v tesno zaprti posodi takoj dostavi na Veterinarski inštitut Slovenije, ki opravi diagnostične laboratorijske preiskave.