Služba mora biti organizirana tako, da lahko uspešno opravlja obveščevalne, protiobveščevalne in varnostne naloge v skladu z zakonom.
Služba pri opravljanju strokovnih nalog iz svoje pristojnosti na operativnem nivoju sodeluje s Slovensko vojsko preko svojih izpostav v Slovenski vojski.
Podrobna organizacija službe se določa s pravilniki o organizaciji in sistemizaciji ter s formacijo vojne sestave. Organizacija službe ima mirnodobno in vojno organizacijo.