Služba strokovne obveščevalne, protiobveščevalne in varnostne naloge opravlja v skladu z usmeritvami Vlade Republike Slovenije, Sveta za nacionalno varnost oziroma pristojnega delovnega telesa Državnega zbora. Na tej podlagi minister določa težiščne naloge za delovanje službe.
Služba pri izvrševanju nalog iz prejšnjega odstavka po potrebi sodeluje s civilno obveščevalno službo, policijo in drugimi državnimi organi, mora pa sodelovati z njimi v tistih primerih, ko je to določeno s predpisi.
Služba na prošnjo pristojnega organa Ministrstva za notranje zadeve nudi strokovno pomoč pri preiskovanju kaznivih dejanj iz njegove pristojnosti, ki jih je treba izvesti v ministrstvu ali v Slovenski vojski.