Ministrstvo izvaja nadzor nad porabo subvencije v skladu s predpisi za nadziranje namenskosti porabe proračunskih sredstev.
Če se sredstva subvencije uporabljajo nenamensko, ministrstvo prekine izplačevanje sredstev in odstopi od pogodbe ter zahteva vrnitev vseh že izplačanih sredstev v realni vrednosti, vključno z zakonitimi zamudnimi obrestmi.
Če pride pri izvajanju projekta do odstopanj od projektne dokumentacije, je upravičenec do subvencije dolžan v roku 15 dni o teh spremembah obvestiti odgovorno osebo ministrstva, sicer se šteje, da se sredstva uporabljajo nenamensko.