1.1 Raziskovalni in izobraževalni center
1.2 Inštitut za marketing
1.3 Inštitut za ekonomske odnose s tujino
1.4 Inštitut za ekonomsko diagnozo in prognozo
1.5 Inštitut za organizacijo in informatiko
1.6 Inštitut za finance in bančništvo
1.7 Inštitut za gospodarsko pravo
1.8 Inštitut za operacijske raziskave
1.9 Inštitut za tehnologijo
1.10 Inštitut za transport in poslovno logistiko
1.11 Inštitut za projektni management
1.12 Inštitut za računovodstvo, revizijo in davščine
1.13 Inštitut za podjetništvo in management malih podjetij
1.14 Inštitut za razvoj managementa
1.15 Inštitut za tuje jezike in tuje poslovne jezike.
2 Na Fakulteti za elektrotehniko, računalništvo in informatiko:
2.1 Inštitut za elektrotehniko in računalništvo
2.2 Inštitut za močnostno elektrotehniko
2.3 Inštitut za avtomatiko
2.4 Inštitut za robotiko
2.5 Inštitut za elektroniko in telekomunikacije
2.6 Inštitut za računalništvo
2.7 Inštitut za informatiko
2.8 Inštitut za matematiko in fiziko
2.9 Inštitut za medijske komunikacije.
3 Na Fakulteti za gradbeništvo:
3.1 Inštitut za geotehniko
3.2 Inštitut za gradbeništvo
3.3 Inštitut za prometne vede
3.4 Inštitut za arhitekturo in prostor
3.5 Center za izobraževanje in strokovno izpopolnjevanje.
4 Na Fakulteti za kemijo in kemijsko tehnologijo:
4.1 Inštitut za kemijske raziskave.
5 Na Fakulteti za organizacijske vede:
5.1 Inštitut za organizacijo in management.
6 Na Fakulteti za strojništvo:
6.1 Inštitut za konstrukterstvo in oblikovanje
6.2 Inštitut za energetsko, procesno in okoljsko inženirstvo
6.3 Inštitut za proizvodno strojništvo
6.4 Raziskovalni inštitut za strojništvo
6.5 Inštitut za inženirske materiale in oblikovanje
6.6 Inštitut za mehaniko
6.7 Inštitut za tehnologijo materialov
6.8 Center za senzorsko tehniko.
7 Na Pedagoški fakulteti:
7.1 Znanstveni inštitut.
7.2 Center za pedagoško izobraževanje in strokovno izpopolnjevanje.
8 Na Pravni fakulteti:
8.1 Inštitut za civilno, primerjalno in mednarodno zasebno pravo
8.2 Inštitut za finančno pravo in javne finance
8.3 Inštitut za javno upravo in narodne skupnosti
8.4 Inštitut za delovna razmerja in socialno varnost
8.5 Inštitut za gospodarsko, pogodbeno in korporacijsko pravo
8.6 Inštitut za filozofijo, zgodovino in ikonografijo prava
8.7 Center za pravno izobraževanje in raziskovanje
8.8 Inštitut za ekonomsko analizo prava.
9 Na Fakulteti za kmetijstvo:
9.1 Univerzitetni kmetijski center Fakultete za kmetijstvo
9.2 Univerzitetni center za vinogradništvo in vinarstvo Meranovo
9.3 Center za sadjarstvo in predelavo sadja
9.4 Center za poljedelstvo in vrtnarstvo
9.5 Center za živinorejo
9.6 Center za kmetijsko tehniko in fitomedicino
9.7 Center za gozdarstvo z botaničnim vrtom
9.8 Center za travništvo in pridelovanje krme
9.9 Inštitut za ekološko kmetovanje
9.10 Center za vseživljenjsko izobraževanje in poklicno uspešnost.
10 Na Fakulteti za zdravstvene vede:
10.1 Raziskovalni inštitut
10.2 Center za mednarodno dejavnost.
11 Na Fakulteti za logistiko:
11.1 Center za univerzitetne študije in raziskave v Krškem
11.2 Raziskovalni inštitut Celje
11.3 Inštitut za projektni management in management tehnologij
11.4 Inštitut za logistiko.
12 Na Fakulteti za energetiko:
12.1 Center za univerzitetne študije in raziskave v Velenju
12.2 Znanstvenoraziskovalni in razvojni inštitut
12.3 Inštitut za energetiko.
13 Na Fakulteti za varnostne vede:
13.1 Inštitut za varstvoslovje.
14 Na Medicinski fakulteti:
14.1 Inštitut za fiziologijo
14.2 Inštitut za patologijo
14.3 Inštitut za socialno medicino in higieno
14.4 Inštitut za sodno medicino
14.5 Inštitut za biomedicinske vede
14.6 Inštitut za anatomijo, histologijo in embriologijo
14.7 Center za humano genetiko in farmakogenomiko
14.8 Simulacijski center.
15 Na Fakulteti za naravoslovje in matematiko:
15.1 Znanstveni in razvojni center FNM
15.2 Center za vseživljenjsko učenje FNM
15.3 Inštitut za fiziko
15.4 Inštitut Oddelka za matematiko in računalništvo
15.5 Inštitut za biologijo, ekologijo in varstvo narave
15.6 Inštitut za sodobne tehnologije.