Pogodbenika protokol začasno uporabljata z dnem podpisa. Veljati začne z dnem prejema zadnjega uradnega pisnega obvestila po diplomatski poti, s katerim se pogodbenika uradno obvestita o dokončanju notranjih postopkov, potrebnih za začetek veljavnosti tega protokola.
Protokol se uporablja pet študijskih let po začetku veljavnosti in se samodejno podaljšuje za nadaljnja petletna obdobja, razen če eden od pogodbenikov šest mesecev prej pisno ne obvesti drugega pogodbenika, da ga namerava odpovedati. Protokol velja največ do konca študijskega leta, v katerem Republika Makedonija postane polnopravna članica Evropske unije.
Prenehanje tega protokola ne vpliva na že začete programe in projekte po tem protokolu, ki ob njegovem prenehanju še niso v celoti dokončani, razen če se pogodbenika ne dogovorita drugače.
V potrditev tega sta podpisana, ki sta bila za to pravilno pooblaščena, podpisala ta protokol.