V primeru neizpolnjevanja pogodbenih obveznosti so sopogodbeniki dolžni takoj o tem poročati ministrstvu. Minister lahko začasno prekine financiranje oziroma odstopi od pogodbe.
Prekinitev usposabljanja v prvem letu financiranja nima posledic za sopogodbenike, razen v primeru nenamenske porabe sredstev.
Odgovornost sopogodbenikov v primeru prekinitve usposabljanja v naslednjih letih se opredeli v pogodbi o financiranju usposabljanja mladega raziskovalca.
Če minister odstopi od pogodbe zaradi nenamenske porabe sredstev, so sopogodbeniki dolžni izplačana sredstva vrniti v celoti.