Če veterinarski inšpektor pri nadzoru ugotovi, da živalsko seme ne izpolnjuje pogojev, ki jih določa ta pravilnik, odredi, da morata veterinarska postaja osemenjevalnega središča in Veterinarski inštitut Slovenije, ugotoviti vzroke za neustreznost semena v skladu z določbami tega pravilnika. Na podlagi rezultatov preiskav veterinarski inšpektor odredi še druge ukrepe v skladu z zakonom o veterinarstvu in določbami tega pravilnika.
Preden se odredi ukrep uničenja semena v celoti, vključujoč tudi genetsko rezervo, oziroma se odredi izločitev plemenjaka, mora biti o ukrepu obveščeno ministrstvo, pristojno za živinorejo in veterinarstvo, ki da soglasje za uničenje semena ali izločitev plemenjaka.