Strokovni organ zavoda je strokovni svet.
Strokovni svet sestavlja sedem članov, ki jih imenuje svet zavoda in sicer:
-
predsednika in tri člane imenuje izmed strokovnih delavcev zavoda in zunanjih strokovnjakov s področja dela zavoda,
-
tri člane imenuje na predlog Kulturniške zbornice Slovenije.
Strokovni svet obravnava strokovna vprašanja s področja dela zavoda, odloča o strokovnih vprašanjih v zvezi z vzdrževanjem arboretuma, določa strokovne podlage za programe razvoja in varstva in za prostorsko urejanje arboretuma.
Način imenovanja in trajanje mandata članov ter naloge strokovnega sveta natančneje določi statut zavoda.