Organizacija zavoda se določi z notranjimi akti zavoda. V zavodu se lahko za opravljanje posamezne dejavnosti ali dela dejavnosti ali dejavnosti na določenem območju oblikujejo notranje organizacijske enote.
Svet zavoda z notranjimi akti določi način imenovanja, razrešitev članov, sestavo in delovanje notranjih organizacijskih enot za posamezna področja delovanja zavoda, kjer je zaradi obsega in zahtevnosti nalog to potrebno. Notranje organizacijske enote niso organi zavoda.