Za učinkovitejše izvajanje svojega poslanstva ima visokošolskega zavoda upravo.
Upravo visokošolskega zavoda šole sestavljajo dekan, dva prodekana in glavni tajnik visokošolskega zavoda.
Prodekana sta:
VŠZNJ ima lahko tudi druge prodekane. Število prodekanov in njihove naloge določi s soglasjem Senata VŠZNJ dekan VŠZNJ s sklepom.
Prodekane imenuje dekan VŠZNJ iz vrst visokošolskih učiteljev, ki so zaposleni na VŠZNJ za dobo dveh let, potem ko pridobi o kandidatih za prodekane soglasje Senata VŠZNJ. Prodekani so lahko ponovno imenovani. Senat ga lahko razreši s sklepom, ki je bil sprejet z 2/3 večino vseh članov, pred iztekom njegovega mandata, na temelju obrazloženega predloga dekana.
Z izvolitvijo novega dekana VŠZNJ in z imenovanjem novih prodekanov prenehajo funkcije dotedanjih prodekanov.