Senat VŠZNJ lahko ustanovi nove oddelke ali ukine delovanje obstoječih oddelkov ali ustanovljen oddelek spremeni. Za ustanovitev, spremembo ali ukinitev oddelka je potrebna večina glasov navzočih članov senata VŠZNJ.
Sklep o ustanovitvi novega oddelka sprejme senat visokošolskega zavoda na predlog dekana z večino glasov vseh članov. Razlog za ustanovitev novega oddelka je uvedba novega visokošolskega študijskega programa.
Sklep o ukinitvi oddelka sprejme senat visokošolskega zavoda z 2/3 večino vseh članov.
Če se visokošolski strokovni študijski program ne izvaja več, se oddelek ukine s sklepom, ki ga sprejme senat z navadno večino vseh članov senata.