Delo inštituta vodi predstojnik, ki ga imenuje Senat VŠZNJ na predlog dekana VŠZNJ za dobo dveh let. Za svoje delo je odgovoren dekanu. Predstojnik inštituta je lahko ponovno imenovan. Delo inštitutov usklajuje prodekan za raziskovanje.
Predstojnika inštituta lahko dekan razreši predčasno, če ne želi več opravljati funkcije, če ne more več opravljati funkcije ali če ne opravlja funkcije.
S sklepom o ustanovitvi inštituta se določi namen njegove ustanovitve. Inštitut ukine senat z navadno večino, na predlog dekana, če ugotovi, da ni več pogojev za delo inštituta.