V okviru VŠZNJ se oblikujejo organizacijske enote. VŠZNJ ima lahko podenote organizacijskih enot, projektne in raziskovalne skupine, ki jih natančneje opredeljuje pravilnik o organizaciji šole.
Senat VŠZNJ lahko organizacijsko enoto, podenoto, projektno in raziskovalno skupino (v nadaljevanju: skupina) ustanovi ali ustanovljeno enoto/podenota, skupino spremeni, ali pa sklene, da organizacijska enota/podenota, skupina preneha delovati. Za ustanovitev, spremembo ali ukinitev organizacijske enote, katere dejavnost je neposredno vezana na študijsko in znanstveno-raziskovalno dejavnost VŠZNJ je potrebna večina glasov navzočih članov Senata VŠZNJ.
Organizacijske enote, podenote in skupine niso pravne osebe in nimajo pooblastil v pravnem prometu.