Vsak zdravstveni center ima poseben strokovni svet.
Strokovni svet obravnava važnejša strokovna vprašanja ter daje mnenja o poročilih in predlogih, ki jih daje zdravstveni center pristojnim organom in zainteresiranim delovnim in drugim organizacijam.
Strokovni svet sestavljajo: določeno število članov izmed strokovnjakov zdravstvenega zavoda, ki opravlja naloge zdravstvenega centra, strokovnjaki določenih zdravstvenih zavodov z območja zdravstvenega centra, določeno število članov, ki jih delegirajo strokovna društva zdravstvenih delavcev ter dva člana, ki jih imenuje svet za zdravstvo ustrezne občinske skupščine oziroma Republiški sekretariat za zdravstvo izmed strokovnjakov za vprašanja iz delovnega področja zdravstvenega centra.
V strokovni svet republiškega zdravstvenega centra delegirajo po enega člana tudi določeni visokošolski zavodi.
Direktor zdravstvenega zavoda, ki opravlja naloge zdravstvenega centra, je po položaju član strokovnega sveta.
Število članov strokovnega sveta ter zavodi, društva in visokošolski zavodi, ki imenujejo oziroma delegirajo člane v strokovni svet se določijo s statutom zavoda, ki opravlja naloge zdravstvenega centra.