Muzej opravlja naslednje temeljne naloge:
-
raziskuje, ugotavlja, evidentira, dokumentira, vrednoti in znanstveno-raziskovalno proučuje naravo in kulturno dediščino naravnega izvora,
-
zbira, ureja, hrani, vzdržuje, restavrira in znanstveno-raziskovalno proučuje predmete in dokumente, ki izvirajo iz narave in imajo pomen kulturne dediščine naravnega izvora,
-
organizira, pripravlja in prireja razstave ter druge oblike predstavljanja izsledkov muzejskega dela doma in v tujini ter organizira gostovanje tujih razstav in multimedijskih predstavitev,
-
redno in načrtno sodeluje z vzgojno-izobraževalnimi organizacijami in zavodi pri njihovem delu ter skrbi za vzgojo pravilnega odnosa do narave in kulturne dediščine naravnega izvora,
-
organizira znanstvena in strokovna srečanja, razgovore, seminarje in podobno, predvsem s področja raziskovanja narave in kulturne dediščine naravnega izvora,
-
raziskuje in opravlja študije ter znanstvene elaborate o varovanju narave in kulturne dediščine naravnega izvora,
-
izdaja, zamenjuje in prodaja znanstvene študije in strokovne publikacije o gradivu iz svojih zbirk, ter naravi in kulturni dediščini naravnega izvora, ter kataloge razstav in poljudne publikacije,
-
izdaja, izdeluje in prodaja diapozitive, fotografije, razglednice ter nosilce zvoka in slike vseh vrst s svojega delovnega področja ter replike kulturne dediščine naravnega izvora iz svojih zbirk,
-
izdeluje ekspertize in daje nasvete, pojasnila in drugo strokovno pomoč fizičnim in pravnim osebam pri vrednotenju posegov v naravo in kulturno dediščino naravnega izvora; izvaja tudi storitve na podlagi sklenjenih pogodb,
-
sodeluje in vzdržuje stike s sorodnimi zavodi doma in v tujini ter posreduje njihovo gradivo javnosti,
-
vodi upravne in druge postopke, ki mu jih določajo zakonski in podzakonski predpisi,
-
opravlja storitve s področja svoje dejavnosti za potrebe fizičnih in pravnih oseb.
Kot specialni nacionalni muzej opravlja še naslednje posebne naloge:
-
oblikuje in določa standarde za konzerviranje in restavriranje, varovanje in dokumentiranje kulturne dediščine naravnega izvora in nadzoruje njihovo izvajanje,
-
vodi specialno znanstveno knjižnico in bibliografije muzejskih delavcev,
-
izvaja in organizira prirodoslovno znanstveno-raziskovalno dejavnost na Slovenskem in drugod,
-
organizira in nudi strokovno usposabljanje muzejskih delavcev s področja svoje dejavnosti,
-
usklajuje akcesijsko in razstavno dejavnost muzejev s področja narave, naravoslovja in kulturne dediščine naravnega izvora, ki jih financira država.