Do ustanovitve Sveta za vode vodnega območja Donave in sveta za vode vodnega območja Jadranskega morja ima svet inštituta pet članov, od tega štiri člane imenuje ustanovitelj na predlog ministrstva, pristojnega za vode, enega člana pa izvolijo redno zaposleni v inštitutu.
40. člen
Odlok o preoblikovanju Vodnogospodarskega inštituta, družbe za gospodarjenje z vodami, d.o.o., v javni zavod “Inštitut za vode Republike Slovenije“
Uradni list RS 26-991/2003 objava 13. 3. 2003