Službo vodi minister brez resorja, pristojen za digitalno preobrazbo (v nadaljnjem besedilu: minister).
Predsednik vlade lahko pooblasti ministra, da na področju digitalne preobrazbe in informacijske družbe vodi ali usklajuje delo dveh ali več ministrstev pri oblikovanju politik in opravljanju izvršilnih nalog oziroma da vodi izvajanje določenega projekta vlade, ki sodi na upravna področja več ministrstev.
Ministrstva in vladne službe zagotavljajo strokovno podporo službi pri izvajanju njenih nalog na področjih njihovih pristojnosti.