Svet Mednarodnega centra ima šest članov, katerih mandat je dve leti. Člane izmed uveljavljenih domačih in tujih strokovnjakov imenuje:
-
ustanovitelj dva člana, in sicer enega na predlog Ministrstva za šolstvo, znanost in šport, drugega pa na predlog Ministrstva za zunanje zadeve;
-
tri člane sveta pa imenuje Upravni odbor inštituta izmed tujih strokovnjakov, od katerih je eden iz držav jugovzhodne Evrope.
Po funkciji je član Sveta Mednarodnega centra tudi njegov vodja, ki pa ne more biti izvoljen za predsednika tega organa.