Organ upravljanja univerze je svet.
Svet univerze sestavljajo delegati delavcev, delegati študentov in delegati družbene skupnosti. Delegirajo jih sveti članic v skladu s samoupravnim sporazumom o združitvi v univerzo in njenim statutom.
S statutom univerze se določijo zadeve, ki jih opravlja svet, ter način in postopek sprejemanja odločitev.
Univerzo predstavlja in zastopa rektor.