V posameznem upravnem organu se lahko oblikujejo notranje organizacijske enote z drugačnimi nazivi, če to bolj ustreza naravi njihovih nalog s tem, da se določi njihov položaj v smislu 6. člena uredbe (center, urad, kabinet, arhiv, ekonomat, itd.).
V Ministrstvu za notranje zadeve, v Ministrstvu za obrambo in v Ministrstvu za zunanje zadeve se lahko izjemoma kot notranja organizacijska enota organizira uprava, v njenem okviru pa se lahko organizirajo sektorji.