Medresorsko komisijo za ciljne raziskovalne programe vodi državni sekretar MZT. Strokovno in administrativno podporo medresorski komisiji zagotavlja služba MZT.
Člani medresorske komisije so poleg državnega sekretarja MZT še državni sekretarji oziroma drugi delavci sodelujočih ministrstev, ki jih za delo v tej komisiji pooblasti sodelujoči minister. Na seje medresorske komisije so vabljeni tudi vodje programskih svetov.