Za organizacijo in upravljanje ciljnih raziskovalnih programov so pristojni programski sveti in vodje programskih svetov.
Za posamezno ministrstvo je imenovan en programski svet.
Programski sveti se imenujejo za enega ali več ciljnih raziskovalnih programov. Kolikor posamezno ministrstvo oblikuje dva ali več ciljnih raziskovalnih programov, lahko za posamezen ciljni raziskovalni program ministrstva imenujejo posebne delovne komisije programskega sveta.